
Synagóga bola veľká podlhovastá budova s vysokou škridlovou strechou. Dĺžka synagógy bola 23,6 m, šírka 13,2 m, a výška 8 m. V hornej časti bol balkón, na ktorom počas modlitieb stáli alebo sedeli ženy. Mužská časť bola v dolnej časti. Lavice na sedenie boli tak ako aj v dolnej a hornej časti synagógy. Židia sa vždy modlili smerom k východu, resp. boli obrátení k východnej stene budovy, nakoľko tým smerom ležala Palestína. Na prízemí pred lavicami sa nachádzal drvený pult, s ktorého sa čítalo a vysvetľovalo Písmo. Zvitky Písma boli uchovávané v drevenej skrinke, ktorá sa volala Aron HA-Kodeš. Vchod do budovy bol od rabínskeho domu, nie z ulice. Ortodoxným Kantorom bol Adolf Schwartz, kostolníkkom Jozef Pollák.
Dva dni v roku - na výročie vzniku 1. ČSR a v deň prezidentových narodenín sa mohli modlitieb v synagóge zúčastniť aj nežidia. Zlatomoravecká synagóga prežila aj bombardovanie mesta a plnila svoju funkciu aj po roku 1945 približne do konca 50. rokov.